Guía docente de Técnicas de Análisis Molecular para la Detección de Protozoos Parásitos (M38/56/1/54)

1. Breve introducción a la sistemática de protozoos parásitos. Principales grupos taxonómicos
2. Técnicas de aislamiento de nuevas cepas. Cultivo in vitro de las mismas.
3. Principales medios de cultivo.
4. Observación macroscópica aplicada a la identificación y caracterización de nuevas cepas de protozoos
5. Principales técnicas Bioquímicas y Moleculares
6. Aglutinación con lectinas
7. Caracterización isoenzimática
8. Caracterización mediante el estudio del ADN del kinetoplasto o ADN cromosómico
9. Utilidad de la PCR en la caracterización de parásitos

Los propios del Master

1. Aprendizaje de las técnicas moleculares de caracterización de cepas de protozoos parásitos.
2. Conocimiento de las bases de datos bibliográficas

• Tema 1.  Introducción a la Protozoología. Protozoos de interés en sanidad humana y animal.  Modelos biológico en biología fundamental y aplicada.
• Tema 2. PCR y RTqPCR. PCR y diagnóstico molecular: Fundamentos y aplicaciones de la técnica de reacción en cadena de la polimerasa para el diagnóstico en base a asilamiento de ARN y/o ADN y detección mediante sondas Taqman o Sybrgreen (RT-PCR y qPCR). Otras técnicas de amplificación molecular: Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) y Recombinase Polymerase Amplification (RPA). Uso de CRISPR en diagnóstico: SHERLOCK y DETECTR.
• Tema 3. Modificación genética en protozoos parásitos. Biomardores fluorescentes y bioluminescentes y sus aplicaciones en biotecnología de parásitos. 

Práctica 1: Uso de la base de datos de EupathDB  (https://eupathdb.org/eupathdb/) de genomas de protozoos parásitos, Diseño de un experimento de diagnóstico molecular por PCR a partir del genoma de un organismo protozoo parásito.

Práctica 2. Ensayo de PCR cuantitativa en tiempo real para determinar carga parasitaria de distintos tipos de muestras microbiológicas.

1. Aislamiento de ADN.
2. Montaje de la reacción de qPCR.
3. Amplificación y análisis de resultados

Práctica 3: Ensayo de RPA-CRISPR-Cas12a para determinar carga parasitaria de distintos tipos de muestras microbiológicas.

LIBROS DE TEXTO PARASITOLOGÍA

1. Ash, L.; Orihel, T. 2010. Atlas de Parasitología Humana. 5ª edn. Editorial Médica Panamericana, 556 pp.
2. Beaver, P.C.; Jung, R.C.; Cupp, E.W. 1990. Parasitología Clínica. Salvat, 880 pp.
3. Cruz-Reyes A; Camargo-Camargo B., 2001. Glosario de términos en Parasitología y Ciencias relacionadas,  ed Plaza y Valdés, 347 pp.
4. Despommier D.D; Griffin. D.O; Gwadz R.W; Hotez P.J; Knirsch C.A. 2019. Parasitic Diseases 7th edition. Parasites without Borders, Inc. NY. 602 pp

ARTÍCULOS DE INVESTIGACIÓN

1. Kralik, P. & Ricchi, M. A Basic Guide to Real Time PCR in Microbial Diagnostics: Definitions, Parameters, and Everything. Front. Microbiol. 8, (2017).
2. Bustin, S. A. et al. The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments. Clinical Chemistry 55, 611–622 (2009).
3. Bustin, S. A. & Wittwer, C. T. MIQE: A Step Toward More Robust and Reproducible Quantitative PCR. Clinical Chemistry 63, 1537–1538 (2017).

ARTÍCULOS DE INVESTIGACIÓN

1. Pomari, E., Piubelli, C., Perandin, F. & Bisoffi, Z. Digital PCR: a new technology for diagnosis of parasitic infections. Clinical Microbiology and Infection 25, 1510–1516 (2019).
2. Salipante, S. J. & Jerome, K. R. Digital PCR—An Emerging Technology with Broad Applications in Microbiology. Clinical Chemistry 66, 117–123 (2020).
3. Bustin, S. A. Why the need for qPCR publication guidelines?—The case for MIQE. Methods 50, 217–226 (2010).
4. Mustafa M & Makhawi, A.M. SHERLOCK and DETECTR: CRISPR-Cas Systems as Potential Rapid Diagnostic Tools for Emerging Infectious Diseases. Journal of Clinical Microbiology. 59. 3 (2021)
5. Momčilović, S., Cantacessi, C., Arsić-Arsenijević, V., Otranto, D. & Tasić-Otašević, S. Rapid diagnosis of parasitic diseases: current scenario and future needs. Clinical Microbiology and Infection 25, 290–309 (2019).
6. Hossein M et al. Prospect and Competence of Quantitative Methods via Real-time PCR in a Comparative Manner: An Experimental Review of Current Methods. The Open Bioinformatics Journal. 18, 1-11 (2018).
7. Taylor. S,C et al. The Ultimate qPCR Experiment: Producing Publication Quality, Reproducible Data the First Time. 7, 761-774 (2019)..

INFO PARASITOLOGÍA GENERAL:

• https://parasiteswithoutborders.com/parasitic-diseases-lectures/
• https://web.stanford.edu/group/parasites/ParaSites2001/
• https://parasite.org.au/para-site/introduction/index.html
• https://www.tulane.edu/~wiser/protozoology/syllabus.html#schedule
• Merck Veterinary Manual: https://www.merckvetmanual.com/
• Manual de Infecciones de importancia en clínica humana de Merck en español: https://www.msdmanuals.com/es-es/professional

INFO MÉTODOS PCR REAL TIME:

• Real Time PCR Handbook (Thermo Fisher Handbook):https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/real-time-pcr-handbook.pdf
• Real Time PCR Applications Guide (Bio-Rad Handbook):http://www.bio-rad.com/webroot/web/pdf/lsr/literature/Bulletin_5279.pdf
• MiQE Guidelines , Youtube tutorial video:https://www.youtube.com/watch?v=_LI-lH-mgvI
• Gene Quantification guide: https://www.gene-quantification.de/national-measurement-system-qpcr-guide.pdf
• Ask Taq Man (Thermo):https://www.thermofisher.com/es/es/home/life-science/pcr/real-time-pcr/real-time-pcr-learning-center/real-time-pcr-basics/ask-taqman-video-series.html

BASE DE DATOS GENOMAS DE PARÁSITOS

• https://eupathdb.org/eupathdb/
• https://veupathdb.org//

REVISTAS DE PARASITOLOGÍA Y MICROBIOLOGÍA MOLECULAR:

• Plos Neglected Tropical diseases: https://journals.plos.org/plosntds/
• Plos Pathogens: https://journals.plos.org/plospathogens/
• Cell Host&Microbes: https://www.cell.com/cell-host-microbe/authors

ORGANIZACIONES RELACIONADAS CON EL CONTROL Y PREVENCIÓN DE ENFERMEDADES PARASITARIAS

• www.who.com
• European Scientific Counsel Companion Animal Parasites: https://www.esccap.org/
• Centro para el Control y Prevención de Enfermedades (CDC): https://www.cdc.gov/spanish/index.html
• DPDx, web desarrollado y mantenido por la División de Enfermedades Parasitarias y Paludismo (DPDM) del CDC: https://www.cdc.gov/dpdx/index.html
• European Center for Disease Prevention and Control (ECDC) : https://www.ecdc.europa.eu/en
• Atlas de enfermedades infecciosas del ECDC: http://atlas.ecdc.europa.eu/public/index.aspx
• Drugs for Neglected Diseases Initiative: https://dndi.org/
•  

CRITERIOS Y PORCENTAJES DE EVALUACIÓN

1. Actitud y participación de los estudiantes en clase: 5%
2. Evaluación de los resultados obtenidos en el laboratorio a través de la actividad diaria y/o elaboración de una memoria: 35%
3. Realización de un trabajo complementario con exposición del mismo: 65%

1. Actitud y participación de los estudiantes en clase: 5%
2. Evaluación de los resultados obtenidos en el laboratorio a través de la actividad diaria, elaboración de una memoria y examen de prácticas 35%
3. Realización de un trabajo complementario con exposición del mismo: 65%

CRITERIOS Y PORCENTAJES DE EVALUACIÓN

1. Evaluación de los resultados obtenidos en el laboratorio. Aunque no haya estado en el laboratorio de manera presencial, con la información recogida en el cuadernillo de prácticas, el estudiante realizará un trabajo práctico simulado a partir de datos aportados por el docente: 40%
2. Con la información proporcionada a través de PRADO el alumno podrá hacer un trabajo complementario con exposición del mismo: 60%

De acuerdo con la NORMATIVA DE EVALUACIÓN Y DE CALIFICACIÓN DE LOS ESTUDIANTES DE LA UNIVERSIDAD DE GRANADA (Aprobada por Consejo de Gobierno en su sesión extraordinaria de 20 de mayo de 2013) la evaluación será preferentemente continua, es decir la evaluación diversificada establecida en la Guía Docente. No obstante, se contempla la realización de una evaluación única final a la que podrán acogerse aquellos estudiantes que no puedan cumplir con el método de evaluación continua, alegando y acreditando las razones que le asisten para no poder seguir el sistema de evaluación continua, solicitando esta opción a la coordinación del Máster en Biotecnología (quien dará traslado al profesorado correspondiente).

• Alumnos con necesidades específicas de apoyo educativo (NEAE)

Siguiendo las recomendaciones de la CRUE y del Secretariado de Inclusión y Diversidad de la Universidad de Granada, los sistemas de adquisición y de evaluación de competencias recogidos en esta guía docente se aplicarán conforme al principio de diseño para todas las personas, facilitando el aprendizaje y la demostración de conocimientos de acuerdo a las necesidades y la diversidad funcional del alumnado.
La metodología docente y la evaluación serán adaptadas a los estudiantes con necesidades específicas de apoyo educativo (NEAE), conforme al Artículo 11 de la Normativa de Evaluación y de Calificación de los estudiantes de la Universidad de Granada, publicada en el Boletín Oficial de la Universidad de Granada nº 112, de 9 de noviembre de 2016.

• Inclusión y Diversidad de la UGR

En el caso de estudiantes con discapacidad u otras necesidades específicas de apoyo educativo, el sistema de tutoría deberá adaptarse a sus necesidades, de acuerdo a las recomendaciones de la Unidad de Inclusión de la Universidad, procediendo los Departamentos y Centros a establecer las medidas adecuadas para que las tutorías se realicen en lugares accesibles. Asimismo, a petición del profesor, se podrá solicitar apoyo a la unidad competente de la Universidad cuando se trate de adaptaciones metodológicas especiales.

• Más información en : https://grados.ugr.es/biologia/pages/infoacademica/estudios

Información de interés para estudiantado con discapacidad y/o Necesidades Específicas de Apoyo Educativo (NEAE): Gestión de servicios y apoyos (https://ve.ugr.es/servicios/atencion-social/estudiantes-con-discapacidad).